Pijnenburg ligt op de Utrechtse Heuvelrug, die in één van de IJstijden is opgestuwd door schuivend ijs.
Nadat het klimaat verbeterde, raakte de Heuvelrug bedekt met loofbos; voornamelijk eikenbos. Al in de prehistorie vestigden zich hier mensen. Zij lieten grafheuvels na, die ooit ook bij Pijnenburg gelegen hebben, en die nu nog op de Soester Eng en de Lage Vuursche te zien zijn. Deze mensen weidden hun vee in de bossen, en kapten ze voor de landbouw. Hierdoor verdwenen langzamerhand de bossen, en werden vervangen door uitgestrekte heidevelden.
In de 17e eeuw maakte Pijnenburg zo deel uit van een enorm groot heidegebied, "de Amersfoortse Berg", wat omsloten werd door Amersfoort, Soest, Zeist en Leusden. De inwoners van deze dorpen hadden een karig bestaan van landbouw, en het weiden van schapen op de hei. De schapepoep werd als mest gebruikt.

Pijnenburg in 1913.
Klik op de kaart voor een grote versie

Pas in 1650 werd de eerste echte weg in dit heidegebied aangelegd, de huidige provinciale weg Amersfoort-Utrecht.

Na 1850 werd de heide ontgonnen door er bos, voornamelijk naaldbos, op aan te planten.
In het lager gelegen gedeelte waren enkele boerderijen gevestigd.
Het gebied heette vroeger "Laag Hees". De naam Hees kom je nog veel tegen in de omgeving: het buurtschap in Soest wat direct naast het bos ligt, de voeltbalvereniging Hees en
"Op Hees", een gebied in het noorden onder beheer van natuurmonumenten.

In Januari en Februari 2001 verscheen een interessante artikelenreeks over de historie van Laag Hees in het huis-aan-huis blad Soest Nu. Klik hier voor deze artikelen.